脊髓性肌萎缩症（SpinalMuscularAtrophy,SMA）是一种常染色体隐性遗传的神经肌肉病,临床特征是脊髓前角细胞变性退化、导致对称性肌无力和肌萎缩，为一种常见的运动神经元疾病，主要表现为肌肉萎缩、肌张力低、腱反射减弱、病理征阴性，目前尚无有效治疗手段。SMA主要与两个高度同源（是指这两个基因的序列非常相似）的基因密切相关，SMN1与SMN2，这两个基因主要通过7号外显子和8号外显子上的两个基因位点进行区分。
之前临床使用一代测序、双侧双重AS-PCR、定量PCR、MLPA来诊断SMA，很少有人用二代测序来分析SMA，主要是因为SMN1与SMN2同源性太高，直到下面的这篇文章面世。
主要的原理是统计SMN1与SMN2总拷贝数，然后根据c.CT分析SMN1reads与SMN2reads比例，最后得出每个人分别携带几个拷贝的SMN1与SMN2。
具体如下图
与MLPA相比，灵敏度大于98%，特异性大于98%。另外该研究还确诊了几个致病点突变位点，并且g.TG与RFLP结果一致，该位点与SMN12+0型特殊携带者密切相关。但是对于SMN2拷贝数的灵敏度与特异性未明确描述，可能是因为该研究的目的主要是筛查，而非临床诊断。
游侠有幸拿到几个SMA患者与其父母的二代测序的原始数据，通过上述方法判断SMN1拷贝数比较准确，但是在分析SMN2拷贝数时与MLPA有差异，不太确定是哪方面问题，如果有对这方面感兴趣的学者，可以一起合作。
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专题
脊髓性肌萎缩症（SMA）与基因检测
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